東京的鐵路系統由 JR、東京 Metro、都營地下鐵，再加上多家私鐵，組成便利的交通網。
上圖綠色與橘色處為東京 23 區，旅客熟知的景點如明治神宮、淺草寺、澀谷十字路口等等，大多都位於 23 區內。而橘色地帶是東京都心，東京車站、皇居、政府機關都位於這一帶。
米色則為多摩地區，為東京郊區，步調更為緩慢。
東京 23 區的交通主要仰賴 JR、東京 Metro、都營地下鐵，再加上一小部分的私鐵；多摩地區則主要仰賴 JR 與各家私鐵。
不同的營運公司需進出不同的驗票閘門。除了東京 Metro 與都營地下鐵之間轉乘有 70 日圓的優惠，否則轉乘不同公司的路線都會重新計算票價。
少數情況下，不同家的電車路線月台會站內連通，可直接換乘，使用 IC 卡出站時會自動計算票價。
JR
| 東海道線 |
| 橫須賀線．總武線(快速) |
| 湘南新宿線 |
| 京濱東北線．根岸線 |
| 相模線 |
| 橫濱線．根岸線 |
| 南武線 |
| 鶴見線 |
| 山手線 |
| 中央線 |
| 中央線(快速) |
| 中央線．總武線(各站停車) |
| 中央線．地鐵東西線直通 |
| 青梅線 |
| 五日市線 |
| 八高線 |
| 宇都宮線(東北線) |
| 高崎線 |
| 埼京線．川越線．臨海線．相鐵線直通 |
| 川越線．八高線 |
| 常磐線 |
| 常磐線(快速)．成田線 |
| 常磐線(各站停車)．地鐵千代田線直通 |
| 總武線 |
| 內房線 |
| 外房線 |
| 成田線 |
| 東金線 |
| 京葉線 |
| 武藏野線．京葉線 |
| 上越線 |
| 兩毛線 |
| 水戶線 |
| 伊東線 |
| 東京單軌電車 |
| 日光線 |
| 上野東京線 |
東京メトロ (Metro)
| 銀座線 |
| 丸之內線 |
| 日比谷線 |
| 東西線 |
| 千代田線 |
| 有樂町線 |
| 半藏門線 |
| 南北線 |
| 副都心線 |
都營
地下鐵
| 淺草線 |
| 三田線 |
| 新宿線 |
| 大江戶線 |
其他電車
| 日暮里・舎人ライナー |
| 東京さくらトラム（都電荒川線） |
私鐵
| 東急電鐵 |
| 東武鐵道 |
| 小田急電鐵 |
| 京王電鐵 |
| 京急電鐵 |
| 京成電鐵 |
| 西武鐵道 |